Quantum Conundrum schickt euch in das Anwesen eures Großvaters, den exzentrischen Erfinder Professor Quadwrangle. Nach einem Unfall ist dieser plötzlich Verschwunden und nur ihr könnt ihm helfen, in dem ihr euch von Raum zu Raum vorarbeitet, knifflige Rätsel löst und etwa durch Verlangsamung der Zeit Hindernisse überwindet oder die Dimension eines Raumes ändert und zu eurem Vorteil nutzt.